Введение. Возрастающие потребности использования экономического инструментария для оценки эффективности применяемых медицинских технологий, реализации государственных проектов и программ и т.д., привело к широкому применению методов клинико-экономического анализа. Актуальность исследования определяется необходимостью уточнения роли и места методов клинико-экономического анализа в инструментарии оценки эффективности в здравоохранении. Цель. Обоснование методических подходов к выбору методов клинико-экономического анализа с учетом имеющихся возможностей и ограничений в их применении в различных ситуациях. Материалы и методы. Материалами, использованными в процессе исследования, явились нормативные правовые акты Российской Федерации, ГОСТы, методические материалы, а также публикации на рассматриваемую тему. Основными методами исследования явились библиографический, аналитический, сравнительный, систематизация и классификация, и другие методы. Результаты. Освещены основные методические подходы к экономическому анализу в здравоохранении и роль различных методов анализа. Проведен анализ основных методов клинико-экономического анализа, выявлены их возможности и ограничения (связанные с организационно-правовыми формами, источниками финансирования и т.д.), возможная сфера их применения. Обсуждение. Проведенная классификация основных методов клинико-экономического анализа показывает, что большинство из них имеют единую основу и различается лишь формами выражения результатов, что в основном и определяет их достоинства и недостатки, а также сферу их применения. Заключение. Хотя клинико-экономический анализ является актуальным инструментом для оценки эффективности применяемых медицинских технологий, деятельности медицинских организаций и т.д., его применение требует тщательной подготовки и критического осмысления результатов.