Актуальность. На данный момент, в Российской Федерации существует широкая сеть кабинетов функциональной диагностики призванных осуществлять своевременное и качественное выявление заболеваний. Однако, оценка качества работы кабинетов функциональной диагностики представляет большую сложность в связи с тем, что, на сегодняшний день, отсутствует стройная система унификации оценки параметров, характеризующих их работу. Вместе с тем, процессы информатизации системы здравоохранения предоставляют возможность проведения подобной оценки с использованием информационных технологий. Целью настоящей работы является создание и оценка работы автоматизированного комплекса по оценке качества работы кабинета функциональной диагностики. Материал и методы. Был выделен круг параметров, которые отражают качество работы кабинета функциональной диагностики. В последствии, проведена оценка степени влияния каждого фактора на качество работы кабинетов функциональной диагностики. Относительный вклад каждого параметра оценивался по десятибалльной системе. Для оценки значимости и придания веса выявленным предиктивным факторам оценки качества работы кабинета функциональной диагностики был использован метод анализа иерархий. Весовые коэффициенты значимости полученных предикторов позволили достоверно определить предиктивные факторы влияющие на качество проведения функциональных исследований, имеющие приоритетное значение. Результаты. Было осуществлено ранжирование основных характеристик, отражающих работу кабинетов функциональной диагностики по их значимости, и в зависимости от рангового места каждого параметра им были присвоены веса вклада в конечный результат оценки деятельности кабинетов функциональной диагностики по десятибалльной шкале. Заключение. Предлагаемая методика оценки работы кабинетов функциональной диагностики и разработанный программный комплекс показали свою высокую эффективность. Они могут быть рекомендованы для внедрения в практическую деятельность в рамках существующей единой государственной информационной системы здравоохранения.