Введение. Разработка стратегии снижению распространенности заболеваний, ограничивающих годность к военной службе, предусматривает использование информационных баз медицинских организаций и военных комиссариатов. Необходимо определить, как этот информационный комплекс применять для стратегического планирования в здравоохранении. Материал и методы. Материалы исследования включали данные о заболеваемости подростков Новосибирской области в возрасте 15–17 лет за период 2012–2017 гг. с интегрированной оценкой показателей общей, первичной и диспансеризуемой заболеваемости на основе расчетов коэффициентов относительной важности. По данным военно-врачебной комиссии военного комиссариата Новосибирской области о результатах медицинского освидетельствования 285,5 тыс. лиц допризывного возраста и 258,0 тыс. лиц призывного возраста проведен анализ заболеваемости, ограничивающей годность к военной службе. Углубленно изучены материалы 1204 протоколов медицинского освидетельствования призывников с установлением распространенности патологии. На основе интегрирования показателей всех информационных баз определена значимость основных классов болезней. Результаты. Установлено, что ведущими заболеваниями, снижающими годность к военной службе, являются болезни костно-мышечной системы и соединительной ткани; эндокринной системы, расстройства питания и нарушения обмена веществ; органов дыхания; системы кровообращения; глаза и его придаточного аппарата; нервной системы; органов пищеварения; психические расстройства и расстройства поведения, составляющие 92,5 % значимости от всего объема патологии. Соответственно этому приоритетными медицинскими службами, определяющими стратегию медицинской помощи при снижении потерь обороноспособного потенциала, являются ортопедическая, эндокринологическая, пульмонологическая, психиатрическая, неврологическая, кардиологическая, офтальмологическая и гастроэнтерологическая. Вывод. Проведенное исследование позволило определить количественную значимость отдельных классов болезней на различных этапах их выявления для комплексной оценки распространенности патологии среди лиц допризывного и призывного возраста.